Numerosi reperti archeologici indicano che Assisi trae le sue origini da un piccolo villaggio abitato dagli Umbri già nel periodo Villanoviano (IX - VIII secolo a.C.). La città si sviluppa a ridosso dei territori controllati dagli Etruschi, e orbitò sotto il loro potere fino al 295 a.C. quando, con la battaglia di Sentino, i Romani imposero il loro dominio anche nell'Italia centrale. Per Asisium (così era chiamata dai romani) fu un periodo prospero: innalzata a Municipium diventò un importante centro economico e sociale dell'Impero romano.
Con il crollo dell'Impero di Roma anche Assisi conobbe la buia età delle invasioni barbariche e, nel 545, fu saccheggiata dai Goti di Totila. Conquistata dai Bizantini passò, poco tempo dopo, sotto il dominio longobardo divenendo, nel XI secolo, libero Comune. Dopo un periodo di guerre, nel 1174 fu assediata e conquistata da Federico Barbarossa che diede l'investitura della città al duca Corrado di Lutzen, detto anche Corrado di Urslingen. Pochi anni dopo, tra il 1181 e il 1182, nasce ad Assisi Francesco, figlio di Pietro di Bernardone e Madonna Pica, il futuro Santo che, con la sua opera, segnerà la storia del luogo e dell'umanità.
Nel 1198 il popolo di Assisi, stanco dei soprusi del duca di Lutzen, si ribellò, scacciandolo dalla città. Successivamente la città passò sotto il dominio della Chiesa, dei Perugini, di Giangaleazzo Visconti, dei Montefeltro, di Braccio Fortebraccio da Montone, passando, infine, sotto il controllo di Francesco Sforza.
Profondamente segnata dalle lotte intestine che videro sempre in contrasto i Nepis (Parte de Sopra) ed i Fiumi (Parte de Sotto), Assisi venne stabilmente assegnata alla Chiesa al tempo di papa Paolo III nel XVI secolo. Nel 1860, con plebiscito unanime, aderì al nascente Stato italiano.
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